Бекство патријарха Арсенија Чарнојевића и већине митрополита у Аустрију навело је Порту да сама постави новог српског патријарха у Пећи. То је било старо право великог везира, које је он искористио надајући се да помоћу цркве може одвратити народ од Аустрије и Млетака. У датим околностима, друго решење значило је само укидање Српске патријаршије у Пећи и њено припајање некој од мање компромитованих цркава. Нови патријарх је, вероватно, постављен већ у време припрема за поход 1691, који се завршио погибијом код Сланкамена. На то указује потоња белешка, настала у Пећи: „Калиник, достоин вечнија памјати, сушт обудовели скопски (…) сам, јако мудриј довољно, воспријајући титулу и потвержденије патријаршкоје на себе чрез везира тогда бившаго Ћуприлића. И сије убо створил да спасет народ прочи изоставши, јакоже и бист за таких повеленије упросил народ к тому: да не робитсја и не губитсја.
Дотле непознатом свештенику из Скопља, новом патријарху Калинику I, пао је у тежак задатак да склони избегле српске архијереје и духовнике на повратак у Турску. У јулу 1692. он је ради тога отишао из Пећи у Босну и писао из Сарајева пређашњем београдском митрополиту Хаџи Симеону Љубибратићу, који се тада налазио на млетачкој земљи у Новом. Пре тога, потрудио се да оживи огољену, опљачкану и разорену цркву Патријаршије, „јакоже повелајут отачска преданија“, не жалећи труда и имања да би поставио попове и ђаконе и остале духовне чинове. Владику и осталу браћу позивао је на састанак у Пиви, обећавајући да ће му извадити исправе од цара да може мирно седети у манастиру или, ако жели, да прими своју епархију. И доиста, у априлу 1693. издат је ферман херцеговачком паши да не чини сметње митрополиту Симеону док обилази своју епархију ради побирања мирије и истакнуто његово право да исте дажбине узима и од верника латинске цркве. Патријарх овим ипак ништа није постигао: његово писмо доспело је у руке млетачких власти, а он је у октобру 1693. рукоположио херцеговачког митрополита Нектарија. Касније, у Русији, митрополит Нектарије показао је и један патријархов позив на уобичајени годишњи архијерејски сабор у Пећи, који се одржавао о Спасовдану. Осим овог Нектарија Зотовића Требињца, херцеговачког митрополита, до краја рата позната су нам још само два суфрагана патријарха Калиника: дабро-босански митрополит Висарион, из 1693, и рашки митрополит Григорије, из 1697. године.
Убрзо по доласку патријарха Калиника у Пећ, раја је почела тражити царску дозволу за поправку својих изгорелих и разорених цркава. Током 1692, такве фермане извадили су варошани Пожаревца и Гроцке, а Лесковчани су пописали манастир Јашуњски „при спахији алајбегу“. Међутим, управо због цркава, положај патријарха Калиника брзо је постао веома тежак. Током 1693, патријарх је злостављан у Једрену кад се парничио са Соколпашићем који се окомио на саму Патријаршију. Патријарх је тада на неки начин велику цркву одбранио, али је већ 4. марта 1694. издата мулк-нама „на име Ахмеда, сина раније умрлог румелијског берлегбега Сагкол Мустафа-паше на манастир у нахији Пећ, у Скадарском санџаку, и на све што му припада, и земље, читлуци, имања и добра монаха Арсенија, који је отишао у непријатељску земљу“. (Овим је стари Јегенов ћехаја Кара Мустафа, потоњи Сагкол Мустафа-паша, постао наследник одбеглог патријарха Арсенија, у чија је приватна имања урачуната и зграда Пећке патријаршије.) Тако је почео један кошмар, који је трајао све до укидања Пећке патријаршије, 1766. године.
Једанаест година после патријарховог пренија и мучења у Једрену, диван је донео нову пресуду у корист безименог бега који је изјавио да је од свога покојног оца, румелијског берлегбега Сагкол Мустафа-паше наследио „манастир у близини касабе Пећ, познат као Спасов манастир“. Безимени је тврдио да је манастир прописано увакуфио да буде текија у којој ће живети дервиши, али да су се монаси успротивили и неће да се иселе. Шејхулислам је о томе дао мишљење да је вакуф правоваљан, и на основу његове фетве, у Пећ је упућен чауш с ферманом да монахе избаци из манастира.
На основу појаве пећке Мевлевихане, текије „вртећих дервиша“, мевлевија, која је била задужбина Худаверди-паше Махмудбеговића, открива се да је патријарх тада морао бранити велику цркву од његових насртаја. Худаверди-паша умро је управо 1705. године.
Прогони које је патријарх Калиник трпео од пећких коленовића, Худаверди-паше и његовог синовца Тахир-паше Махмудбеговића, заштитника римских прелата и мисионара међу католичким Климентима, које су они годинама у ланцима свлачили с њихових брда и присилно насељавали у равницама око Призрена и Пећи, познати су из извештаја папских мисионара. О другим његовим невољама остало је нешто трага у књигама вођеним на Порти.
„Патријарх Манастира у Пећи Калиник“ био је крајем септембра 1707. на Царском дивану и извадио два хућума. Најпре се жалио на силнике који су га обедили за некаква измишљена потраживања, али нису пристајали да се с њиме споре у месту у коме би се он затекао, него су вадили од паша бујурудлије, спроводили га у други кадилук и тако, противно закону, мучили. Други хућум патријарх је извадио против неколицине хришћана у служби пређашњег румелијског берлегбега Карађоз Хасан-паше, који му је натурио признаницу на 2.000 гроша, тобожњи дуг његовим људима хришћанима. Касније су на основу тога избили из њега 1.000 гроша, а онда су га кињили за остатак непостојећег дуга. Патријарх је тражио ферман да му се силом искамчени новац врати, али је добио само пресуду да се његов захтев шеријатски преиспита. Годину дана касније, патријарх се, заједно с неким монасима Патријаршије, потужио на дивану на своје касаблије, пећке муслимане. Пећки еснафи уобичајили су да своје светковине држе у манастиру, па су том приликом узимали од монаха простирке, сахане, храну, зоб, вино и ракију, и онда би, пијани, понекога испребијали.
Из хаћума издатог почетком септембра 1709. сазнаје се да је прва патријархова тужба доиста преиспитивана. Кад се патријарх вратио у земљу, румелијски берлегбег Мустафа-паша упутио је у Пећ свога човека, неког Максуд-агу из паланке Криве Реке, с налогом да га спроведе на суд у Софију. Међутим, ага је патријарха свезао и одвукао у Приштину, бацио у сејменски хапс и тако држао засужњена пуних 30 дана. Онда га је извео, отео му хиљаду гроша, па га везана водио од села до села. Негде у лето 1709, патријарх Калиник био је у (свом родном граду) Скопљу. Ту је, помогнут хришћанима из града и околних села, на јавном суђењу пред скопским кадијом, отворио спор против Максуд-аге из Криве Реке. Почетком септембра 1709, патријарх је поново био у Цариграду и јамачно је сам донео на диван сведочење које је добио од скопског кадије Мехмеда. Тада је извадио још један хућум против мутеселима дукађинског санџакбега Тахир-паше Махмудбеговића: овај му је стално слао своје људе да га вуку на суђење, па пошто би се доказало да ником ништа не дугује, наплаћивали су по десетак гроша ајактерије, што су ознојили ноге долазећи и вукући га.
Патријарх Калиник I Скопљанац умро је 16. августа 1710. у Темишвару, док је обилазио своју дејецеју. Пре смрти потврдио је карловачког митрополита за егзарха пећког трона, чиме је постигао стварно измирење међу епарсима разједињене Српске цркве и признао црквену аутономију Срба у Аустрији. Као његови противници у самој земљи запамћени су пећки еклисијарх Мојсије Зурла и Мојсије ђакон. Зурла и Чурла, био је надимак потоњег рашког митрополита и патријарха Мојсија Рајовића. Његов имењак је, вероватно, потоњи београдски митрополит Мојсије Петровић.
За патријарха је дошао дојакошњи скопски митрополит Атанасије. Изабран је једногласно почетком 1711. Атанасије I умро је већ 23. априла 1712. Још раније, тешко је оболео у Кули Небојши, где га је београдски везир засужњена држао шест месеци због оставине умрлог београдског митрополита, по тужби његовог брата. Вероватно је реч о београдско-пожаревачком митрополиту Михаилу, за кога се, према запису на једној хиротонији, наслућује да је одржавао везе с Русијом.
У октобру 1712. изабран је за патријарха пређашњи рашки митрополит Мојсије Рајовић, „родом од Расије, славна рода бист“. У Руварчевом летопису наведени су архијереји који су га уздигли на српски престо: митрополит херцеговачки Мелентије, босански (касније београдски) Мојсије, скопски Константин, ариљски Григорије, белоцрквански и нишки Јоаникије и самоковски Данил.
Мојсије Рајовић титулисао се као „васеј србские и блгарские и всеју илирјскују“ патријарх. Убрзо по доласку, записао је како је од својих претходника наследио близу сто хиљада аспри дуга, а 1714. молио је помоћ од Карловачке митрополије, да би откупио земљу око Патријаршије, која је сва у турским рукама. Још ранијих година, покрајински намесници увели су обичај „тефтиш цркава“, нов начин да се из њих избије глоба. Раја Пирота жалила се да су румелијски валија и софијски мутаселим за само годину дана четири пута слали своје људе у тефтиш и сваког пута добро наплатили свој труд. Тефтиши који су на своме путу до Травника спроводили босанске валије огорчили су улему и муслимане Пријепоља, који су их тужили за насиља учињена раји, свакако – житељима Манастира Милешева.
Ове истраге предузимане су ради глобљења цркава поправљених без царске дозволе.
О приликама у Београдском пашалуку најдрагоценији извор остали су тефтери митрополита Мојсија Петровића, вођени од пролећа 1712, кад је преузео стару Београдску и Браничевску митрополију, турски Срем и читаву темишварску област.
Митрополит је плаћао јасакчије из јаничарског оџака, а цареву мирију и прилоге за цркву убирао је преко унајмљених момака и попова. После обрачуна у октобру 1715, имао је више од 900 гроша дугова. Будући да је надгледао рад еснафа, разумљиво је што су „руфети“ давали издашније прилоге од трговаца, који су били имућнији. Протопоп се тих година помиње једино у Београду, у коме је било још пет попова; у Гроцкој су постојала три, а у селу Вишњици, после грађења цркве, два попа. Један од двојице митровачких попова био је некуд побегао. У Митрополији је тада живео један светогорски монах, а једна блажена дошла је да „поведа“ из Јерусалима. Само једном, у селу Добросаљевцу, 1714, митрополит је записао: „Љубисав старац даде сина Марка на школу“. У априлу 1712, у поцерском манастиру Петковици, „уђе у арешту поп Станко из Неменикућа“, а спахија бискупски и марјански глобио је због нечега тамошњег попа са 12 гроша. Судећи по игуманима и јеромонасима који су давали прилоге за цркву, до новог рата били су настањени манастири: Ходош, код Липове и Темишвара, Раковица и Сланци, код Београда, Рукомија, Витовница и Горњак у Млави. Митрополитова белешка о калуђерици из Митровица и Стојану ђакону из Шашинаца подсећа на једну згоду, стављену у скаредну песмицу.
После Карловачког мира издата је само једна царска дозвола за поправку цркве у Београдском пашалуку. Извадили су је, крајем маја 1705, „монаси манастира Раванице и раја нахије Ресаве“, да обнове ћелије манастира Раваница и места која су на цркви порушена. Међутим, кад се, још пре закључења Пожаревачког мира 1718, у Раваницу вратио јеромонах Стефан Раваничанин, једини преживели члан њеног старог братства, нашао је манастир пуст, порушен и зарастао у шуму толико да се порта није распознавала, припрате су биле до темеља порушене и цркве прорасле великим дрвећем. Из тога излази да 1705, и поред добијеног фермана, на обнови Раванице ништа није учињено.
Управо те године, настојањем јеромонаха Стефана Даскала и према његовим упутствима, мајстор Никола Недељковић од Ћипровца изградио је раскошну сребрну дарохранилницу по моделу Раваница. Рад је платио монах Леонтије, а у запису су поменути патријарх Арсеније, игуман и проигуман манастира Врдника, од кога су Раваничани по завршетку Великог рата створили Нову Раваницу. У мају 1705, кад су монаси и раја извадили ферман за обнову Раванице, пресељене су мошти цара Уроша из Неродимља у манастир Јазак. Ако је поменути ћивот био намењен старој Раваници, а не Врднику, и ако је пресељење моштију из Турске у Аустрију било условљено неком новчаном помоћи, то је могло бити откривено и навести београдске власти да онемогуће обнову Раванице упркос царском допуштењу.
У време везира Јурук Хасан-паше, 1703, трудом Стефана Ковача и околне сиротиње, а без фермана обновљен је манастир код Смедерева. Овај моћни везир јамачно је задржао за себе и владарско право у одлучивању која се црква може обновити. Касније, 1709, игуман Хаџи Висарион и братство манастира Раковице обновили су, опет без фермана, космајски манастир Тресије. Раковички јеромонах Висарион и архимандрит Григорије ишли су 1705. на поклоњење, заједно са Јеротејем Рачанином. Рачани су се, по одобрењу патријарха Арсенија, настанили у манастиру Беочину. Јеротеј Рачанин, који је касније тај пут описао, делом у десетерцу, на дан хода од Врања забележио је легенду о 40 српских цркава и о хумкама која се тамо зову „шаторишта Марка Краљевића и Милоша Кобилића и Реље Омућевића и Новака Дебелића“.
На Овчем Пољу казали су му да су они Срби који су од преко мора, из града Троје, најпре на Овче Поље пали „сковали од бакра гувно, а веле, не умели врћи на земљу. И кажу, и до данас стоји засуто земљеју, и веле, да хоће велико крвопролитије ту бити от Турака на после“. На повратку из Свете земље, сапутници су у Цариграду могли извадити ферман за обнову Раванице. Можда се на том заједничком „метафизичком путовању“ српских монаха родила идеја о Раваници, сазданој од камена, да претраје „пошљедња времена“.
Радмила Тричковић „Београдски пашалук 1687-1739“. ЈП Службени гласник 2013. Библиотека Саборник. Стране 255-262.