Оснивање нових санџака и стварање Босанског елајета
У првој половини 16. века долази у Босни до наглог ширења турске власти, а оно се углавном поклапа са санџакбеговањем познатог турског намесника у Босанском санџаку Хусрев-бега. Од већег дела новоосвојене територије и једног дела Босанског санџака створен је 1537. године Клишки санџак, који је према западу обухватио велики део далматинског залеђа са сливовима река Цетине, Крке и Зрмање, као и Лику и Крбаву. Исто тако турским освајањем био је знатно проширен и Зворнички санџак, припајањем територије бивше Сребреничке бановине, а нешто доцније Мачве и неких делова јужно од ње.
Улога Босанског санџака у офанзивним акцијама према Хрватској подвучена је 1553. године премештањем средишта тога санџака из Сарајева у Бањалуку. Даље освајање хрватске територије довело је до стварања новог санџака. То је санџак Зачазма, основан 1557. године. А проширење Клишког санџака у другој половини 16. века уродило је стварањем новог Крчког или Личког санџака. Он је основан крајем осме деценије 16. века (можда 1580), а седиште му је био Книн. После освајања Бихаћа 1592. године основан је Бихаћки санџак на територији између доњег тока Уне, Купе и Коране.
Оснивањем Будимског елајета 1541. године Зворнички санџак је везан за Будимски елајет. Касније се почела осећати потреба за оснивањем новог елајета, па је 1580. године основан Босански елајет. У тај елајет су ушли Босански, Херцеговачки, Зворнички, Клишки, Зачазмански, Крчки, а доцније и Бихаћки санџак. Од 1580. до 1600. године у саставу тога елајета био је и Пожешки санџак, који је после оснивања Кањишког елајета припао том елајету. Седиште Босанског елајета било је у Бањалуци. Оно ће ту остати до 1639. године, када је премештено у Сарајево. Границе Босанског елајета до краја 16. века још су нешто проширене, углавном на рачун хрватске територије. Турски пораз под Сиском 1593. године означавао је почетак заустављања турског надирања према Хрватској.
Оно што је у ранијем времену за санџаке у Босни био Румелиски елајет, то је сада постао Босански елајет. Санџаци Босанског елајета задржали су своје раније уређење. Број кадилука у Босни је стално растао услед све веће исламизације, освајања нових територија и потреба управе. То нарочито вреди за Босански, Херцеговачки, Зворнички и добар део Клишког санџака. У оним крајевима где је исламизација била мања кадилуци су били ређи и њихова територија се могла подударати са територијом санџака, какав је случај у Крчком санџаку.
Оснивање капетанија у Босни
У 16. веку се ствара још један облик одбране земље. Установа капетанства, која је раније код Турака била везана искључиво за војне операције на води, током 16. века почиње означавати граничне територијалне јединице под управом заповедника који су се звали капетани. Те територије претстављале су војно-одбрамбени утврђени простор, чије је главно упориште била нека значајнија тврђава појачана системом већих или мањих утврђења. Капетанима су били подређени диздари тврђава и остали заповедници већих или мањих утврђења. Они су на својој територији имали своју војску.
Први податак о Градишкој капетанији потиче из 1558. године. После заузимања Крупе 1565. године основана је Крупска капетанија. Бихаћка капетанија установљена је после заузимања Бихаћа 1592 године. Исто тако су основане неке капетаније и према млетачкој граници. Ту је установа прве капетаније везана за реку Крку, јер се у изворима помиње капетан реке Крке. Године 1574. спомиње се као капетан Обровца Ибрахим-бег, син Малкоч-бега. Габеоска капетанија основана је пре 1591. године, а Клишка пре 1596. године. Од чисто граничне установе капетанија ће доцније постати тврђавско-територијална установа и по унутрашњости Босанског елајета.
Према подацима о Градишкој капетанији види се да су у прво време на положај капетана довођени претставници значајнијих феудалних породица. Као у тврђавама служба диздара, ага и обичних чувара и служба капетана у то време је награђивана додељивањем лена. Капетанска лена била су редовно зеамети. За Градишку капетанију се зна да је била у току извесног времена под управом неколико чланова куће Малчока. Капетани су пили подређени босанском санџакбегу, који је у исто време био и билберг Босанског елајета. Они су са својим одредима учествовали у војним походима босанског санџакбега. На предлог беглербега они су постављани и разрешавани дужности. Слабљењем турске власти, због ратова који су крајем 16. века постајали су све тежи и све мање успешни, растао је значај капетана као бранилаца границе Босанског елајета.